En muy pocas ocasiones está contraindicada la lactancia materna, por ejemplo los bebés diagnosticados con galactosemia, malabsorción congénita de glucosa-galactosa y
la deficiencia primaria de lactasa.
También contraindicada si la madre está infectada por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) en los países que disponen de alimentación sustitutiva como el biberón. En otras enfermedades maternas se recomienda una valoración individual del caso.
Y en las madres que consumen tóxicos como las drogas, el alcohol y el tabaco.