Buenas Román, no creo que con mejorar tu tránsito intestinal te refieras a aumentar tu metabolismo, son conceptos diferentes.
Si tienes problemas a la hora de regularizar tu tránsito, lo primero que te recomiendo es introducir productos que te aporten fibra: verduras, frutas si puedes con su piel, cereales integrales (integrales de verdad, no que hayan añadido salvado de X) y beber mucha agua, que ayudará a limpiar tu intestino aumentando su movilidad.
La práctica de ejercicio también es fundamental, ya que mejora el movimiento peristáltico y por tanto a que acudas al baño con más facilidad.
Si tuvieras problemas muy seguidos, sería interesante también que acudas a un médico para que valore la posibilidad de que tengas que tomar ocasionalmente algún medicamento que te ayude a ir al baño, pero cambiando primero estos hábitos de consumo de fibra puedes ya ayudarle.
Saludos!